Masaż tkanek głębokich ma służyć rozluźnieniu napięć mięśni i powięzi, zmniejszeniu bólu,  zwiększeniu ruchomości i elastyczności tkanek, umożliwieniu przybrania właściwej postawy ciała przez pacjenta. Dlatego też wskazaniem do masażu głębokiego są wady postawy, dolegliwości bólowe w mięśniach czy rwa kulszowa i rwa barkowa. Dzięki masażowi tkanek głębokich szybciej się one regenerują, a organizm jest lepiej ukrwiony. Poprzez masaż głęboki można też sobie poradzić z bólem i zawrotami głowy pochodzenia odkręgosłupowego. Ten rodzaj masażu stosuje się nawet w przypadku stłuczeń, zwichnięć i skręceń, powodujących dokuczający ból kończyn. Masaż tkanek głębokich działa również na psychikę pacjenta, choć nie jest to jego główne zadanie – sam zabieg nie należy do relaksujących, jednak już po nim można poczuć się bardziej odprężonym.

Należy jednak pamiętać, że z masażu tkanek głębokich trzeba zrezygnować w stanach zapalnych ścięgien i stawów. Pozostałe przeciwwskazania są takie, jak w przypadku innego rodzaju masaży – masażu głębokiego nie wykonuje się więc u osób z chorobami skóry (grzybicą, egzemą) oraz gdy doszło do infekcji, zwłaszcza jeśli towarzyszy jej gorączka. Przeciwwskazanie stanowią również krwotoki i choroby mogące nimi skutkować, jak również tętniaki i nowotwory.